Santa Maria Assunta et San Parteo
Au tout début du XIIe siècle une nouvelle cathédrale est érigée à une vingtaine de mètres au nord de l’ancien complexe, probablement alors très délabré et trop petit par rapport aux ambitions de l’autorité pisane qui prit en charge le gouvernement de la Corse à la demande du Pape Grégoire VII. En 1119, l’archevêque de Pise, accompagné du légat pontifical, consacre le nouvel édifice dédié à Santa Maria Assunta.
Il s’agit du plus spacieux des édifices de culte médiévaux connus dans l’île. Son plan et ses dimensions sont proches de ceux de la cathédrale paléochrétienne : trois nefs charpentées, séparées par deux files de sept piliers, dessinent un édifice de 35 mètres de longueur et 13 mètres de largeur. C’est en Italie centrale et septentrionale ou encore en Sardaigne qu’il faut rechercher les modèles stylistiques qui ont guidé cette construction caractérisée par la simplicité des volumes et l’harmonie des proportions. Le décor se limitait à l’utilisation savante de la pierre de taille, technique jusqu’alors inconnue en Corse, adaptée à un schiste prélevé dans le Cap Corse. La porte orientale est ornée d’entrelacs et d’une frise d’animaux réels ou fantastiques.
Au sud de l’église, on peut encore voir les vestiges d’une tour de plan carré et les ruines des bâtiments canoniaux constitués de deux ailes perpendiculaires délimitant, avec la cathédrale, une cour fermée à l’ouest par un simple mur. Leurs fondations en gros galets ont largement envahi les restes de la basilique paléochrétienne et en entravent actuellement la lecture.
En raison de la concurrence exercée par les castra édifiés sur les reliefs de l’arrière pays, Mariana va rapidement être déclassée et désertée. L’évêque lui-même s’installe dans une fortification voisine dès le XIIIe siècle. Malgré une tentative de réinstallation ecclésiastique à proximité de la cathédrale au milieu du XVe siècle, l’église est abandonnée. Une visite pastorale de 1530 la décrit déjà comme partiellement ruinée. Le siège épiscopal sera d’ailleurs transféré à Bastia à la fin du XVIe siècle. Malgré cela et jusqu’à la suppression de tous les évêchés corses en 1801, réunis depuis à Ajaccio, l’évêque de Mariana continuait à être consacré dans l’église médiévale.
A 300 mètres à l’ouest de la Canonica se trouve l’église romane de San Parteo construite au XIIe siècle sur les fondations d’une basilique funéraire du VIe siècle. Edifiée en même temps que le complexe épiscopal, la construction primitive est probablement associée à l’évangélisation de la ville et au culte des saints africains vénérés en Corse après leur arrivée au Ve siècle. Située en périphérie méridionale de la ville antique, au milieu d’une nécropole romaine, cette chapelle attira très vite les fidèles qui désiraient se faire inhumer au plus près du sanctuaire.